În anul 1087, în timp ce creștinii greci din Myra erau subjugati de noii stăpâni musulmani ai dinastiei Seljuq, la scurt timp după schisma din 1054 d.Hr., un grup de comercianți din orașul italian Bari a furat oasele principale ale Sfântului Nicolae din sarcofagul său, situat în biserica greacă din Myra. Oasele acestuia au fost transportate la Bari și depuse în Basilica di San Nicola. Astăzi, moaștele Sfântului Nicolae sunt păstrate la Catedrala din Bari, într-o criptă specială, din care izvorăște un lichid limpede, cunoscut sub numele de „Mana” sau „Santa Mana”. Conform tradiției, episcopul acestei eparhii amestecă acest lichid cu apă, îl binecuvântează și îl distribuie credincioșilor.
În ceea ce privește fragmentele corpului sfântului, marinarii din Bari au reușit să adune doar jumătate din scheletul lui Nicolae, lăsând restul rămășițelor în sarcofagul bisericii. Ulterior, aceste fragmente au fost luate de marinarii venețieni în timpul primei cruciade, fiind transportate la Veneția. Acolo, a fost construită o biserică dedicată Sfântului Nicolae, protectorul marinarilor, în insula San Nicolò al Lido. Astfel, moaștele Sfântului Nicolae au ajuns să fie venerate atât în Bari, cât și în Veneția, fiecare loc devenind un important centru de pelerinaj.
Astăzi, sarcofagul Sfântului Nicolae, care a fost deteriorat și vandalizat, poate fi încă admirat în Biserica Sfântul Nicolae din Myra. De-a lungul timpului, Sfântul Nicolae a fost adoptat ca protector al multor grupuri diferite, de la arcași, marinari și copii, până la cei care se ocupă cu amanetul. El este, de asemenea, considerat ocrotitorul unor orașe mari și importante, cum ar fi Amsterdam și Moscova.
În România, o parte din relicvele Sfântului Nicolae sunt păstrate cu mare venerație. Mai precis, la Biserica Sfântul Gheorghe Nou din București se află mâna dreaptă a Sfântului Ierarh Nicolae, relicvă ce face parte din ultima ctitorie a marelui Voievod Martir Constantin Brâncoveanu. Aceasta reprezintă un loc de pelerinaj și un simbol al legăturii spirituale cu acest sfânt deosebit.